Hiperłącza, popularnie zwane linkami, są najważniejszym czynnikiem pozycjonowania. Algorytmy wszystkich najważniejszych wyszukiwarek korzystają z analizy linków przychodzących, jak i wychodzących ze strony do oceny popularności serwisu i haseł kluczowych, którym ten serwis odpowiada.
Hiperłącza poprawiają pozycję serwisu w wynikach wyszukiwania, jeśli są prawidłowo sformułowane i umieszczone w odpowiednich miejscach na stronie. Roboty dodają do swoich zasobów nie tylko strony do nich zgłoszone, podążają też za odnośnikami z innych stron, zatem im więcej odnośników ze stron zewnętrznych prowadzi do strony WWW, tym większe prawdopodobieństwo, że zostanie ona znaleziona, przeszukana przez robota i trafi do zasobów wyszukiwarek. Niektóre hiperłącza są widoczne dla robotów indeksujących i znacząco wpływają na pozycjonowanie, a inne są niezauważalne.
Linki dzielimy na przychodzące i wychodzące, a te na wewnętrzne i zewnętrzne.
Linkowanie wewnętrzne jest bardzo ważnym czynnikiem i należy o nim pomyśleć już na początku projektowania serwisu. Linki wewnętrzne to takie, które prowadzą do podstron danego serwisu. Menu zawierające linki do podstron powinno być dobrze przemyślane
i najlepiej żeby zawierało słowo kluczowe, choć nie zawsze może się to udać. W ten sposób zostają utworzone linki pozycjonujące stronę WWW. Złą praktyką będzie tworzenie linków, które będą odnosiły się nie do podstroi, ale określonych sekcji na tej samej stronie. Użytkownicy serwisu po kliknięciu w łącze, zawsze będą oczekiwali przejścia do nowej podstrony. Tak samo ma się to do używania znacznika „mailto”, gdzie użytkownik po kliknięciu w link będzie oczekiwał przejścia do formularza a nie otworzenia programu pocztowego.